SWISS UMEF University of Burkina Faso est dirigée par plusieurs instances dont les membres sont issus de secteurs socioprofessionnels différent et d’où on dénombre plusieurs universitaires, ingénieur et techniciens de disciplines diverses (économie, finance, droit, agronomie, médecine, microfinance, sciences et techniques appliquées …)
Ces instances se composent comme suit :
- Le Conseil de Direction
- Le Conseil Scientifique
- Les conseils Pédagogiques
- Le Conseil de discipline
- Le Conseil de Formation de la Vie Universitaire